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Secuencias de alelos H2 de ratón


He estado tratando de encontrar secuencias completas de mouse (Mus musculus) Haplotipos del locus MHC H2 desde hace bastante tiempo con un éxito limitado. La base de datos EBI IMGT tiene una tabla de haplotipos H2 de ratón, pero IMGT solo proporciona secuencias de haplotipos para genes HLA humanos a través de un servidor FTP. Encontré datos similares para varias otras especies en el IPD-MHC de EBI, pero Mus musculus no está en la lista. La base de datos MGI proporciona acceso a H2 SNP, pero no he encontrado un mapeo de combinaciones de SNP para reconstruir secuencias de happlotype dados los genes de referencia.


También me he topado con este problema. Estaba interesado en las secuencias de aminoácidos de longitud completa para los alelos MHC de ratón de clase I clásicos. Pude encontrar varios de ellos en uniprot, pero no todos. Aquí está mi lista a continuación. Interesado si alguien conoce secuencias adicionales para extender esto:

H-2 D

  • H-2 Db

  • H-2 Dd

  • H-2 Dp

  • H-2 Dk

  • H-2 Dq

H-2 K

  • H-2 Kb

  • H-2 Kd

  • H-2 Kk

  • H-2 Kq

H-2 L

  • H-2 Ld

  • H-2 Lq


Visión general

Los ratones NSG-Ab o DR4 son NOD.scid.Il2R y gammac nulo ("NSG") animales con un alelo inactivo de clase II del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) murino (Ab o) y el transgén DR4 & beta (NT) que codifica un HLA-DRB1 * 0401 humano diseñado para tener mutaciones de aminoácidos en & beta2 dominio para una mejor interacción con CD4 murino. La plataforma NSG es permisiva para el crecimiento de tumores humanos / xenoinjertos. Los ratones homocigotos Ab o no expresan MHC de clase II murino. El transgén DR4 & beta (NT) permite injertar ratones NSG-Ab o DR4 irradiados con células madre hematopoyéticas (HSC) compatibles con HLA-DR, lo que da como resultado poblaciones de células T y células B humanizadas.

Investigador donante

Dr. Leonard D. Shultz, Laboratorio Jackson


& ltp> Esta sección proporciona información útil sobre la proteína, principalmente conocimientos biológicos. & ltp> & lta href = '/ help / function_section' target = '_ top'> Más. & lt / a> & lt / p> Función i

& ltp> El proyecto & lta href = "http://www.geneontology.org/"> Gene Ontology (GO) & lt / a> proporciona un conjunto de vocabulario controlado jerárquicamente dividido en 3 categorías: & ltp> & lta href = '/ help / gene_ontology 'target =' _ top '> Más. & lt / a> & lt / p> GO - Función molecular i

    Fuente: MGI & # xd & ltp> Inferido de Ensayo directo & lt / p> & # xd & # xd & ltp> Se utiliza para indicar un ensayo directo para la función, proceso o componente indicado por el término GO. & Lt / p> & # xd & #xd & ltp> Más información en & lta href = "http://geneontology.org/page/guide-go-evidence-codes#ida"> Guía de códigos de pruebas de GO & lt / a> & lt / p> & # xd Inferido de directo ensayo i

      GO - Proceso biológico i

      Bases de datos de enzimas y vías

      Reactome: una base de conocimientos de vías y procesos biológicos


      La base de datos del genoma del ratón: mejoras y actualizaciones

      La base de datos del genoma del ratón (MGD) es un componente importante del recurso de la base de datos del genoma del ratón (MGI, http://www.informatics.jax.org/) y sirve como la base de datos de organismos modelo de la comunidad principal para el ratón de laboratorio. MGD es la fuente autorizada para la nomenclatura de genes, alelos y cepas de ratón y para las anotaciones fenotípicas y funcionales de genes de ratón. MGD contiene datos e información completos relacionados con genes de ratón y sus funciones, descripciones estandarizadas de fenotipos de ratón, amplia integración de datos de secuencias de ADN y proteínas, representación normalizada del genoma y la información de variantes del genoma, incluidos datos comparativos sobre genes de mamíferos. Los datos para MGD se obtienen de diversas fuentes, incluida la curación manual de la literatura biomédica y las contribuciones directas de los laboratorios de investigadores individuales y los principales centros de recursos informáticos, como Ensembl, UniProt y NCBI. MGD colabora con la comunidad bioinformática en el desarrollo y uso de ontologías biomédicas como la Ontología Genética y la Ontología del Fenotipo de Mamíferos. Las mejoras recientes en MGD descritas aquí incluyen la integración de datos de secuencia y alelos de trampa de genes de ratón, integración de información de orientación genética del Consorcio Internacional Knockout Mouse, implementación de un MGI Biomart y mejoras en nuestra capacidad de consulta por lotes para acceso y recuperación de datos personalizados.

      Cifras

      Captura de pantalla que muestra el nuevo ...

      Captura de pantalla que muestra la nueva página de detalles del alelo de trampa de genes para BayGenomics ...

      Captura de pantalla de MGI GBrowse…

      Captura de pantalla de MGI GBrowse que muestra trampas de genes y proyectos de selección de genes de…


      Procesamiento de moléculas

      Tecla de funciónPuesto (s)Descripción Acciones Vista graficaLargo
      & ltp> Esta subsección de la sección 'PTM / Procesamiento' indica la presencia de un péptido señal N-terminal. & ltp> & lta href = '/ help / signal' target = '_ top'> Más. & lt / a> & lt / p> Péptido señal i 1 – 20 2 Publicaciones

      & # xd & ltp> Información seleccionada manualmente para la cual hay evidencia experimental publicada. & lt / p> & # xd & # xd & ltp> & lta href = "/ manual / evidences # ECO: 0000269"> Más. & lt / a> & lt / p> & # xd Aserción manual basada en un experimento en i

      Modificaciones de aminoácidos

      Tecla de funciónPuesto (s)Descripción Acciones Vista graficaLargo
      & ltp> Esta subsección de la sección PTM / Processing ": / help / ptm_processing_section describe las posiciones de los residuos de cisteína que participan en los enlaces disulfuro. & ltp> & lta href = '/ help / disulfid' target = '_ top'> Más. & lt / a> & lt / p> Enlace disulfuro i 45 ↔ 100

      Palabras clave - PTM i

      Bases de datos proteómicas

      Enciclopedia de la dinámica del proteoma

      jPOST - Base de datos / repositorio estándar de proteomas de Japón

      PaxDb, una base de datos de promedios de abundancia de proteínas en los tres dominios de la vida

      Base de datos de PRoteomics IDEntifications

      ProteomicsDB: un recurso de proteoma de múltiples organismos

      Bases de datos de gel 2D

      Base de datos de electroforesis en gel de poliacrilamida bidimensional del Hospital Universitario de Ginebra

      Bases de datos PTM

      Recurso integrado de iPTMnet para PTM en el contexto de la biología de sistemas

      Recurso completo para el estudio de modificaciones postraduccionales de proteínas (PTM) en humanos, ratones y ratas.


      & ltp> Esta sección proporciona información sobre las enfermedades y los fenotipos asociados con una proteína. & ltp> & lta href = '/ help /pathology_and_biotech_section' target = '_ top'> Más. & lt / a> & lt / p> Patología y biotecnología i

      Mutagénesis

      Tecla de funciónPuesto (s)Descripción Acciones Vista graficaLargo
      & ltp> Esta subsección de la & lta href = "http://www.uniprot.org/manual/pathology%5Fand%5Fbiotech%5Fsection"> 'Patología y biotecnología' & lt / a> sección describe el efecto de la mutación experimental de una o más aminoácidos sobre las propiedades biológicas de la proteína. & ltp> & lta href = '/ help / mutagen' target = '_ top'> Más. & lt / a> & lt / p> Mutagénesis i 55K → R en K-less, sin efecto sobre la ubiquitinación cuando se asocia con R-92, R-155, R-170, R-197, R-210, R-220, R-267 y R-277. 1 Publicación

      & # xd & ltp> Información seleccionada manualmente para la cual hay evidencia experimental publicada. & lt / p> & # xd & # xd & ltp> & lta href = "/ manual / evidences # ECO: 0000269"> Más. & lt / a> & lt / p> & # xd Aserción manual basada en un experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i

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      Afirmación manual basada en el experimento en i

      Afirmación manual basada en el experimento en i


      Informe del revisor 1

      Stephan Beck

      En su manuscrito, Joly y Rouillon informan de nuevas pruebas para la hipótesis de que los genes del MHC de clase I experimentan una evolución concertada a través de la conversión de genes (por ejemplo, recombinación no homóloga). En apoyo, analizaron 8 genes de clase I clásicos (denominados clase Ia) y 8 genes de clase I no clásicos (denominados clase Ib) de primates y roedores, centrándose en tres genes de clase Ib a los que se refieren como familia CD94L (HLA humano -E, H2-Qa1 de ratón y RT-BM1 de rata). Los resultados se discuten de forma exhaustiva dentro del contexto de varias hipótesis relevantes, lo que añade un toque de revisión y mejora enormemente el atractivo del manuscrito.

      Aunque algunas conclusiones (y suposiciones) están mejor respaldadas que otras, solo discrepo de un punto en particular. Basándome en la evidencia con la que no estoy de acuerdo, los autores asumen que los genes de la familia CD94L mencionados anteriormente representan a los ortólogos y sus numerosos parálogos respectivos no se consideran en los análisis posteriores, lo que puede haber afectado algunas de las conclusiones.

      Respuesta del autor: Siguiendo este comentario, y una sugerencia hecha por Pierre Pontarotti por teléfono, ahora modifiqué el manuscrito para eliminar la declaración sobre "la clara relación ortóloga de las moléculas de CD94L dentro de las órdenes de primates o roedores". Esto ahora se reemplaza por 'Hay muy pocas dudas de que los cuatro genes CD94L de primates descienden de un gen ancestral común, y de manera similar para los cuatro genes CD94L de roedores'.

      En la página 12, por ejemplo, los autores concluyen que al menos los dominios alfa 3 de los genes CD94L han experimentado una evolución concertada intraespecífica con sus respectivas moléculas de clase Ia, pero ninguna de las 22 posiciones informativas se comparte entre las especies como se haría. esperar ortólogos. La conclusión lógica tendría que ser que la conversión de genes no ocurrió en los genes CD94L ancestrales (por ejemplo, antes de 80 millones de años) estudiados aquí. Esto es poco probable, ya que se ha demostrado que la conversión de genes es un mecanismo general que es claramente anterior a las especies estudiadas aquí.

      Respuesta del autor: Gracias al proceso de 'arbitraje abierto', he podido discutir este punto con Stephan directamente por teléfono. Su comentario surgió de un ligero malentendido, que ahora ha sido eliminado..

      La sección adicional (adjunta al manuscrito principal) no constituye realmente un manuscrito separado, pero agrega más puntos interesantes a la discusión y los puntos clave podrían resumirse e incluirse en el manuscrito principal.

      Respuesta del autor: La solución a esto ha sido eliminar una parte considerable de la discusión y proporcionarla como un manuscrito claramente separado..

      El documento en sí se centra ahora en la demostración de que HLA-E y Qa1 son ortólogos. Ahora es mucho más corto, más fácil de leer y el mensaje es, espero, mucho más claro..

      El artículo adjunto ahora está claramente etiquetado como 'hipótesis', y lo he utilizado para reagrupar 4 temas de discusión que tocan diferentes aspectos de la evolución del MHC que se derivan de los resultados obtenidos en el artículo en sí, pero que no están directamente relacionados con estos resultados..

      Informe del revisor 2

      Lutz Walter

      En este artículo, Joly y Rouillon comparan genes de clase I del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) derivados de primates humanos, no humanos y roedores. Sobre la base de múltiples alineamientos de secuencias y reconstrucciones de árboles filogenéticos, los autores concluyen que los genes del MHC de clase I en estas especies están sujetos a una evolución concertada mediante la conversión de genes.

      Un punto principal de crítica se refiere al hecho de que no se comparan todos los genes MHC de clase I conocidos de las especies estudiadas aquí, y solo se eligió un pequeño extracto del repertorio completo de genes de clase I para la comparación. Esto puede sesgar la interpretación de los datos. A este respecto, podría ser útil concentrarse en una o dos especies, p. Ej. la especie rica en clase I, ratón, rata o mono rhesus. En su forma actual, el documento contiene datos de un solo haplotipo de ratón, pero de varios haplotipos de rata. Por lo tanto, el conjunto de datos también debe actualizarse para permitir el estudio de la conversión de genes entre locus e intralocus.

      Respuesta del autor: Uno de los principales desafíos que enfrentamos cuando comenzamos a hacer el trabajo que nos permitiría escribir este artículo no fue en términos de "¿Cuántas secuencias de moléculas MHC de clase I podemos recopilar y alinear?". De hecho, fue exactamente lo contrario, es decir: "¿Con cuántas secuencias podemos proceder a demostrar, más allá de toda duda razonable, que los loci del MHC de clase I experimentan una evolución concertada?" Todas las cifras presentadas en el documento se obtuvieron de la única alineación que nos conformamos al final. Cambiar solo una secuencia en la lista requeriría realizar todo el estudio nuevamente, lo que representaría varias semanas de trabajo tenue.

      Aunque nuestras observaciones nos llevan a discutir muchos aspectos relacionados con la evolución del MHC, la evaluación de la frecuencia de los eventos de conversión inter e intra-locus no estaba dentro del ámbito de este estudio. Con respecto a la elección de secuencias de MHC de varios haplotipos de MHC de rata, y de un solo haplotipo de ratón, no vemos por qué esto debería tener alguna relevancia para el tipo de trabajo que hemos realizado y para las conclusiones a las que llegamos. Fuera de una situación particular en la que los genes pueden coevolucionar porque están estrechamente vinculados (como RT1-A y TAP), los haplotipos de MHC son, después de todo, conjuntos de genes relativamente artificiales que se encontraban en la misma hebra cromosómica cuando las cepas eran consanguíneas. fueron generados.

      Comenzando con muchas más secuencias, nos habríamos enfrentado a los siguientes problemas:

      1) La alineación mostrada en Figura & # x200B Figura 2, 2, que se utilizó para generar los árboles, no se pudo haber proporcionado dentro del manuscrito. También encontramos que la claridad de las figuras que contienen árboles se degrada rápidamente cuando estos árboles tienen demasiadas ramas..

      2) El tiempo de computadora requerido para el cálculo de los árboles y de los valores ds / dn crece exponencialmente con el número de secuencias, y el tiempo dedicado a generar las alineaciones y las cifras también depende del número de secuencias incluidas.

      3) Para la pregunta precisa que queríamos abordar, los únicos loci de clase Ib que fueron informativos fueron los identificados en al menos dos especies. También pensamos que era mejor restringir nuestro análisis a aquellas moléculas para las que se había documentado claramente una función y que tenían el mismo número de aminoácidos que las secuencias de clase Ia (para evitar huecos en la alineación). Cuando nos embarcamos en este trabajo, los únicos loci de clase Ib que cumplían estos criterios eran las moléculas CD94L y M3 murinas. Hasta donde sabemos, esto sigue siendo cierto hoy.

      página 16: la agrupación hermana de los genes M3 y CD94L se debe a un conjunto de datos limitado (ver más arriba) y no refleja una verdadera relación filogenética (y no es compatible con bootstrapping). Además, contradice los datos de Hurt et al. (2004) que estudió la relación filogenética de todos los genes de clase I de rata y ratón.

      Respuesta del autor: Estamos totalmente de acuerdo con la afirmación de que la agrupación de M3 y CD94L no refleja necesariamente la relación filogenética, y esto a pesar de un valor de arranque del 63% (con los métodos utilizados para estas comparaciones, los valores superiores al 60% suelen considerarse significativos, y esto se especifica varias veces en el documento). En el manuscrito se propusieron (y todavía se proponen) dos interpretaciones alternativas relacionadas con esto. De hecho, señalamos esta característica del árbol para subrayar nuestro punto de vista de que se debe extremar la precaución al realizar análisis filogenéticos de miembros de familias multigénicas que se someten a extensos intercambios intergénicos..

      página 16 y más: no es obvio por qué los autores introducen una nueva abreviatura para 'residuos fuera del sitio de reconocimiento de antígenos (ROARS)' y no utilizan el ampliamente aceptado 'non-PBR'

      Respuesta del autor: Elegimos usar ROARS porque creemos que suena mejor que 'no-PBR', y también porque no todas las moléculas de clase I presentan péptidos.

      página 17, segundo párrafo: los autores deben explicar cómo se puede lograr la homogeneización en no PBR, particularmente en aquellos sitios donde se alternan PBR y no PBR. ¿Es el grado de homología entre las dos secuencias lo suficientemente alto como para permitir que tenga lugar la conversión de genes?

      Respuesta del autor: Lo que presenciamos aquí son signos que son muy evocadores de la homogeneización intraespecífica, y la conversión de genes parece ser el mecanismo más probable para explicar esto. No tenemos forma de saber cuándo ocurrieron estos eventos y entre qué secuencias (por ejemplo, algunos otros genes, o pseudogenes, podrían haber servido de relevo entre ciertas secuencias). Además, aunque la conversión de genes se ve claramente favorecida entre secuencias homólogas, no conocemos datos que documenten la longitud mínima de secuencias homólogas necesarias para que tenga lugar la conversión de genes. Fuera del hecho de que esta pregunta parece estar mucho más allá del alcance de nuestro estudio, por lo tanto, no tendríamos forma de abordar esta pregunta..

      No recomendaría agregar una sección adicional al manuscrito, ya que el manuscrito podría volverse "ilegible". Sin embargo, ciertos aspectos de esta sección de discusión "adicional" podrían incluirse en el manuscrito. No obstante, recomendaría encarecidamente un acortamiento considerable del manuscrito.

      En mi opinión, este artículo debería publicarse, pero debería considerarse como un "artículo de hipótesis", ya que contiene muchas suposiciones, que no fueron probadas por evidencia experimental, y contiene muchas secciones similares a revisiones.

      Respuesta del autor: Como se explicó anteriormente, hemos logrado cumplir con estas recomendaciones ligeramente contradictorias (es decir, incluyendo más puntos pero acortando en general) dividiendo el artículo en dos: un artículo 'real' con los resultados y un artículo de hipótesis..

      Informe del revisor 2

      Pierre Pontarotti

      Este artículo plantea la hipótesis de que la región de unión de péptidos del ratón, la rata y la clase humana I b, que presenta el péptido líder de las moléculas de clase I a a las células asesinas naturales, evolucionó a partir de un ancestro común, mientras que la parte no PBR evolucionó a través de la conversión de genes.

      Los argumentos se basan en análisis filogenéticos y en la ubicación conservada de estos genes MHC de clase I b.

      Esto contrasta con otra hipótesis: los genes MHC de clase I son específicos de linaje, provienen de un ancestro común que es diferente en el linaje humano y de ratón (en otras palabras, el gen de clase I de ratón y humano son parálogos), y HLA E y H2Qa1 PBR evolucionó a través de una evolución convergente.

      Para fortalecer su hipótesis, los autores deberían seleccionar otros linajes de mamíferos utilizando bases de datos de conjuntos, ya que algunas secuencias de bases de datos de conjuntos no están presentes obligatoriamente en NCBI NR, especialmente las de canis, loxodanta, bos Taurus, canis Familirais y monodelphis (incluso si esto especie está fuera del grupo euterio). Si se encuentra un ortólogo de PBR "similar a HLAE" en todos estos grupos, la hipótesis del autor tendrá un mayor apoyo.

      Respuesta del autor: De hecho, habríamos estado muy interesados ​​en identificar moléculas de MHC de clase I con PBR de tipo CD94L fuera de los géneros de roedores y primates. Como ya se indicó en la sección de resultados titulada "Ciertos residuos son específicos de CD94L y otros están homogeneizados dentro de las especies" (en la página 10 del manuscrito actual), repetidamente hemos intentado identificar tales moléculas a través de varios enfoques en todas las bases de datos en línea. disponibles para nosotros y, al 20 de diciembre de 2005, no hemos tenido éxito hasta ahora.

      En segundo lugar, si la conversión del gen similar al HLA E no PBR es un proceso continuo, esto podría verse a un nivel taxonómico más alto, por ejemplo, a nivel de primates comparando los genes de clase I del MHC de chimpancé y macaco humanos: debería observarse más homogeneización fuera del " HLA E como "PBR que dentro del PBR.

      Respuesta del autor: De hecho, esto es exactamente lo que vemos, y esto se analiza en la página 18 del manuscrito (Comparación de este árbol. Valores de soporte bajos)

      En cuanto a la oración página 14 L 11: Entre la clase I B. hace años que. No entiendo por qué los resultados confirman que las moléculas de CD94L están mucho más conservadas evolutivamente que las moléculas de Clase I a.

      Respuesta del autor: Esto fue realmente confuso, y he tratado de aclarar este punto escribiendo la siguiente oración:

      "El hecho de que la comparación de secuencias de primates sugiere fuertemente que los cuatro CD94L son ortólogos, mientras que esto es mucho menos claro para las correspondientes secuencias de clase Ia, confirma informes previos de ese primate"..


      Generación rápida y eficiente de alelos condicionales usando Easi-CRISPR

      Un primer artículo de investigación de Quadros y sus colegas tenía como objetivo mejorar la generación de alelos condicionales en ratones utilizando nucleasas programables [2]. Los autores hicieron la simple observación de que, dado que la eficiencia para reparar el ADN después de DSB es mayor para la vía de reparación dirigida por homología que para la recombinación homóloga, la administración de una plantilla de reparación más larga daría como resultado una mayor eficiencia para generar alelos mutantes. Esta técnica, denominada adición eficiente con insertos de ssDNA-CRISPR (Easi-CRISPR), implica la focalización de dos sgRNA que flanquean el exón endógeno y se complejan con Cas9 para formar un complejo de ribonucleoproteína para la entrega celular. El exón se reemplaza después del DSB del ADN y se repara con una plantilla de oligonucleótidos de cadena larga que contiene dos sitios loxP y abarca todo el exón. Los autores demostraron el poder de este enfoque al mostrar una alta eficiencia en la edición y reemplazo alélico, con una tasa de éxito promedio del 50% y hasta un 100% de edición para ciertos alelos, lo que es una mejora notable en comparación con los métodos convencionales. El trabajo futuro y los estudios de replicación de varios grupos de investigación e instalaciones centrales de transgénesis confirmarán o refutarán estas observaciones. Sin embargo, aunque es eficiente, esta técnica no resuelve los problemas limitantes de CRISPR / Cas9, como el requisito de personal altamente capacitado y el uso de un costoso aparato de microinyección solo disponible en las instalaciones centrales de transgénesis.


      Nutrición microbiana y metabolismo básico

      6 SISTEMAS DE OXIDACIÓN-REDUCCIÓN EN EL TRANSPORTE ELECTRÓNICO

      La generación de la fuerza motriz del protón por las reacciones de oxidación en los sistemas de transporte de electrones depende del principio de que las reacciones de oxidación liberan energía. Oxidación es la pérdida de electrones de un átomo o molécula. También puede ser la pérdida de átomos de hidrógeno de una molécula, ya que cada átomo de hidrógeno contiene un electrón además de su protón. Lo opuesto a la oxidación es reducción, es decir, la ganancia de electrones o átomos de hidrógeno. A diferencia de las reacciones de oxidación, las reacciones de reducción no liberan energía, sino que requieren energía para continuar. El reverso de cualquier oxidación es una reducción y, se sigue, que el reverso de cualquier reducción es una oxidación. En una reacción de oxidación-reducción, interviene un par de sustancias: una es la forma oxidada y la otra la forma reducida, p. Fe 3+ y Fe 2+. Cada par de estas sustancias se denomina sistema de oxidación-reducción (O / R). Un sistema O / R puede tender a aceptar electrones de otro sistema, es decir, el primer sistema se reducirá mientras que el segundo se oxidará. La capacidad de un sistema O / R para oxidarse o reducirse depende del poder oxidante relativo de cada sistema O / R.

      El poder oxidativo de cualquier sistema O / R se llama su Eh valor. Los 'h"Significa que se mide eléctricamente en relación con la H + / H2 sistema, que es el sistema estándar, y se expresa en voltios. Cuanto más positiva sea la Eh de un sistema O / R, mayor es la capacidad oxidante del sistema. Conocimiento de la relación de cada sistema O / R con el estándar H + / H2 sistema permite la comparación de un sistema con otro. Para ello, se deben tener en cuenta las concentraciones de las formas oxidadas y reducidas en un sistema O / R, así como el pH y la temperatura. Estas variables afectan la Eh valor de un sistema O / R. Cuando se hace esto, un valor llamado EO ′, los potencial de oxidación estándar, se obtiene y se utiliza. Es el particular Eh valor cuando O y R están en la misma concentración ([O] = [R]), la temperatura es 25 ° C y el pH es 7. En estas condiciones particulares, cualquier sistema puede oxidar cualquier otro sistema que tenga un EO′ Que es menos positivo pero no más positivo. Estas relaciones son muy importantes para reconocer la secuencia en la que ocurren las oxidaciones biológicas, especialmente en un sistema de transporte de electrones, donde las formas oxidadas y reducidas de los reactivos están en una proporción de aproximadamente 1: 1.

      Cuando un sistema O / R oxida a otro, se libera energía (el valor ΔG ° ′ es negativo). La cantidad de energía liberada o el cambio de energía libre estándar, el ΔG ° ′ es directamente proporcional a la diferencia en EO′ Valores de los dos sistemas O / R:

      Aquí, norte = el número de electrones transferidos por molécula, generalmente 1 o 2 F es el Faraday (96 500 culombios). La aplicación de esta ecuación a sustancias cuyos potenciales de oxidación estándar son conocidos, permite predecir la dirección de la reacción y la cantidad de energía liberada de ella. Además, la ecuación permite determinar si la energía liberada por una oxidación particular es suficiente para permitir la formación de una molécula de ATP. El siguiente ejemplo es instructivo. Considere la oxidación de NADH por FAD. El potencial de oxidación estándar (EO′) Para NAD es −0,32, mientras que para FAD es −0,22. El proceso implica el transporte de dos electrones. Sustituyendo estos valores en la ecuación anterior, la cantidad de energía liberada por mol de oxidación de NADH es:

      donde 4,18 es el factor de conversión entre coulomb-voltios (julios) y calorías. En este ejemplo, se liberan 4,62 kcal de energía por mol de NADH oxidado, una cantidad insuficiente para producir una molécula de ATP. La formación de una molécula de ATP requiere de 7,5 a 8 kcal por mol. Sin embargo, debe recordarse que la cantidad real de energía liberada de los procesos oxidativos en las células puede ser diferente de la obtenida mediante el tipo de cálculo anterior utilizando valores para compuestos obtenidos en condiciones estándar. Tales cálculos deben usarse con precaución.


      Locus de cadena pesada de inmunoglobulina humana

      FUMIHIKO MATSUDA, en Biología Molecular de Células B, 2004

      Regiones reguladoras 5 ′

      La región flanqueante 5 ′ de la VH segmentos contiene dos cis-Elementos que actúan, a saber, el motivo octámero que regula la expresión específica de tejido de los genes IgH y la caja TATA esencial para la maquinaria de transcripción general. Amplia comparación de 500 pb de secuencias flanqueantes en 5 'de 79 VH los segmentos sin truncamiento 5 'revelaron una conservación sorprendente específica de la familia (Haino et al., 1994 Matsuda et al., 1998) (Tabla 1.2). Las ubicaciones del motivo octámero y la caja TATA se conservan dentro de la misma familia, pero son diferentes entre las diferentes familias. Cuarenta de 44 V h los segmentos que tienen un ORF completo contienen una secuencia de octámero idéntica al consenso (ATGCAAAT). Los segmentos V3-20, V3-53 y V6-1 llevan una secuencia de octamer ligeramente menos conservada, pero se sabe que se traducen. El segmento V3-38 en el grupo ORF ha perdido completamente el octamer (y TATA) debido al truncamiento 5′. Es de destacar que la secuencia del octámero está menos conservada en los pseudogenes y hasta 15 de los 33 pseudogenes sin truncamiento en 5 'tienen un motivo octámero divergente.

      TABLA 1.2. Resumen de las secuencias reguladoras 5 ′ y RSS de la V humanaH segmentos

      Región reguladora 5 ′RSS
      VH familiaHeptamcer(pb) * Octamer(pb) * TATA(pb) * 7mer(pb)9mer
      VH1CTCATGA2ATGCAAAT19TAAATAT81CACAGTG23TCAGAAACC
      VH2ATGCAAAT26TT (G / C) AAAA41CACAGAG23ACAA (A / G) AACC
      VH3ATGCAAAT18ATGAAAA101CACAGTG23ACACAAACC
      VH4ATGCAAAT39TTAAATT59CACAGTG23ACA (C / A) AAACC
      VH5ATGCAAAT18ACTTAAA79CACAGTG23CTAAAACCC
      VH6AGGCAAAT19TTTAAAT78CACAGTG23ACACAAACC
      VH7TTCATGA2ATGCAAAT8GGAATAT79CACAGTG23TCAGAAACC

      Por el contrario, la secuencia de la caja TATA está bien conservada dentro del mismo VH familia, pero muy diferente entre diferentes familias (Tabla 1.2). Además, al igual que el motivo octámero, los pseudogenes tienen un motivo TATA menos conservado. Una secuencia de heptámero (CTCATGA), que se informa que es esencial para VH La actividad promotora en células linfoides de ratón (Ballard y Bothwell, 1986 Eaton y Calame, 1987 Siu et al., 1987), se encuentra en el V humanoH1 y VH7 familias y, al igual que en los ratones, ubicadas de manera similar (2 a 22 pb aguas arriba del octámero). Sin embargo, no se encuentra ningún elemento heptámero ni se coloca de manera similar en el otro VH familias. Por lo tanto, esto no proporcionó más evidencia de apoyo para la hipótesis de que el elemento heptámero está involucrado en la activación de los promotores de la cadena H por el oct proteína antes de la activación de los promotores de la cadena L que no contienen el motivo heptámero (Kemler et al., 1989).

      Otro hallazgo interesante es que las regiones flanqueantes 5 'de tres VH3 segmentos, a saber, V3-9, V3-20 y V3-43 tienen una deleción común de 65 pb en la región de 251 a 315 pb cadena arriba del codón de iniciación (Haino et al., 1994). Dado que todos se encuentran en la V de longitud completaH ARNm, la deleción no reduciría drásticamente la actividad del promotor. No hay otras secuencias de nucleótidos conservadas o candidatos potenciales para una novela. cis-elemento de acción de VH Se identifican la regulación de la transcripción, a pesar de una extensa investigación del alineamiento de la secuencia de nucleótidos. Sin embargo, estudios futuros para correlacionar VH La actividad promotora y la variación de la secuencia de nucleótidos en la región reguladora 5 'pueden identificar tales elementos.


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