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Si un artículo tiene una filogenia publicada, ¿es común obtener el archivo newick con las longitudes de las ramas de los autores? Para seguir investigando con el árbol.
Es una práctica estándar que los autores publiquen sus árboles en TreeBase para que otras personas los usen. Por lo general, incluirán el enlace en el material complementario del documento. Algunas revistas hicieron que esto fuera un requisito para los autores.
Mire el script R relacionado con este artículo. rotl: un paquete R para interactuar con los datos de Open Tree of Life http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.12593/full
install.packages ("rotl") biblioteca (rotl) estudios <- studies_find_studies (property = "ot: focalCladeOTTTaxonName", value = "Caesalpinieae", exact = TRUE) árbol <- get_study_tree (study_id = estudios [["study_ids"]] [1], tree_id = strsplit (estudios [["tree_ids"]], ",") [[1]] [1]) # Ejemplo 2 cat_studies <- studies_find_studies (property = "ot: focalCladeOTTTaxonName", value = "Felidae ", exact = TRUE) cat_tree <- get_study_tree (study_id = cat_studies [[" study_ids "]] [1], tree_id = cat_studies [[" tree_ids "]] [1]) cat_tree ## ## Árbol filogenético con 38 puntas y 37 nodos internos. ## ## Etiquetas de punta: ## Neofelis_nebulosa, Panthera_tigris, Panthera_uncia, Panthera_pardus,… ## ## Enraizada; incluye longitudes de rama.
